Beskid Sądecki to region obfitujący w wodę, posiadające bogate jej zasoby, a łączna ilość rzek, potoków oraz strumieni to blisko 1900. Główną rzeką jest Dunajec, który płynąc przy granicy Beskidu Sądeckiego oddziela go od Pienin, Gorców oraz od Beskidu Wyspowego. Jest on również osią Kotliny Sądeckiej i skupia osadnictwo w tym miejscu.

Drugą ważną rzeką jest Poprad. Płynąc od naszych południowych sąsiadów w Beskidzie Sądeckim tworzy meandry, stanowiac również granice pomiędzy Polską a Słowacją. Główne skupienie meandrów znajduje się pomiędzy miejscowością Muszyna a Piwniczna Zdrój. W dalszej części Poprad przechodzi doliną przełomową przez Beskid Sądecki, pomiędzy Piwniczną a Rytrem. Trzecią co do wielkości rzeką jest >Kamienica Nawojowska. Uchodzi ona do Dunajca w miejscowości Nowy Sącz. Stanowi ona granicę między Beskidem Sądeckim a Niskim.